Un Hyuga y un miembro de la rama principal tomaron el apellido de alguien de un clan difunto, solo podemos suponer que como Hinata ya no es la heredera del clan Hyuga, Hinata era libre de tomar a su esposo (Naruto) nombre.
Por supuesto, debemos suponer que Kishimoto tenía la intención de que fuera al revés, ya que ningún hombre de la serie se ha casado y ha tomado el nombre del clan mayor.
La excepción, por supuesto, es Sai que no tiene un apellido (o al menos no lo sabe) y se casó con Ino (el jefe de los Yamanaka).
Si hubiera sido un caso en el que Sai tiene un apellido o proviene de un clan menor, eso lo habría confirmado, pero debido a que su situación es bilateral, no podemos decirlo con certeza.
Luego está el hecho de que Kishimoto nunca habría cambiado el nombre de Naruto.
